Żeby komputer mógł odczytać certyfikat kwalifikowany - należy zainstalować niezbędną aplikację, która pozwoli zarządzać danymi podpisu kwalifikowanego.
W przypadku podpisu na urządzeniu kryptograficznym (karta kryptograficzna + czytnik) - to jest aplikacja do obsługi karty kryptograficznej Smart Security Interface (Windows 8 i nowsze).
Tutaj jest instrukcja instalacji oraz używania aplikacji.
Po zainstalowaniu aplikacji jest zalecone ponowne uruchomienie komputera.
Kolejnym krokiem jest rejestrowanie certyfikatu kwalifikowanego w systemie:
Z podłączonym czytnikiem do komputera uruchom aplikacje Smart Security Interface i przejdź do zakładki "Rejestruj".
Kliknij na przycisk "Rejestruj". (Czynność ta jest wykonywana jednorazowo dla danej karty kryptograficznej na danym komputerze - jeżeli będzie zmieniany komputer - wyżej opisane kroki należy wykonać dla "nowego" systemu jeszcze raz)
Jak certyfikat zostanie zarejestrowany w systemie - podpisywanie plików będzie możliwe poprzez dowolne oprogramowanie, które pozwala na dodatkową konfigurację ze wskazaniem certyfikatu/modułu.
Jedną z takich aplikacji jest SecureDoc2 - producentem której jest EuroCert.
Szczególna instrukcja, jak złożyć podpis - jest dostępna pod tym linkiem - Proces złożenia podpisu elektronicznego.